Bisher ist die Schädlichkeit, die von einer Wasserpfeife ausgeht umstritten. Der Shisha Tabak birgt im Prinzip dieselben Gefahren wie normaler Tabak, welche durch Zusatzstoffe noch verstärkt werden können. Die Shisha wird vor allem wegen des in der Bowl gekühlten Rauchs als Einstieg in den Nikotinkonsum gesehen. Der kühle Rauch lässt sich leicht inhalieren und birgt so vor allem für unerfahrene Raucher das Risiko der Abhängigkeit.

Die meisten denken, dass der Rauch quasi frei von Schadstoffen ist, da er im Wasser gefiltert wird. Tatsächlich wird der Rauch einer Shisha nur zum Teil von Schadstoffen befreit. Im Wasser wird z.B. das sehr giftige Propenal absorbiert, welches durch erhitztes Glycerin entsteht. Glycerin wird zum Befeuchten von Shisha Tabak verwendet und zerfällt bei hoher Temperatur unter Sauerstoffmangel zu Propenal.

Laut des Bundesinstituts für Risikobewertung ist dass Rauchen mit einer Wasserpfeife kaum weniger gefährlich als der Konsum von Zigaretten. Die Nikotinaufnahme ist aber nach dem Rauchen einer Wasserpfeife deutlich höher als nach einer Zigarette. Deshalb sollte jedem klar sein, dass man eine höhere Aufnahme des giftigen Kohlenmonoxids hat. Durchschnittlicher Zigarettenkonsum ist allerdings laut des BfR nachweislich schädlicher als durchschnittliches Rauchen einer Wasserpfeife.

Gefahren sind vor allem Lungenkrebs, Blasenkrebs und Tumore an den Lippen. Das wird durch die Schadstoffe Nickel, Chrom und Arsen hervorgerufen, die sich im Rauch von Shisha Tabak befinden.